معاونت پژوهشی دانشگاه تهران در سال 1350 فعالیت خود را آغاز نمود در ابتدا دبیرخانه اداری و فنی شواری پژوهشی دانشگاه با عنوان "امور هماهنگی و توسعه فعالیت های پژوهشی دانشگاه" زیر نظر معاون پژوهشی با 5 پرسنل آغاز به کارکرد.

نخستین جلسه شورای پژوهشی دانشگاه در آذر ماه سال 1350 تشکیل گردید و از آن پس، فعالیت های پژوهشی دانشگاه در چهارچوب امکانات و وظایف این شورا و یاری دبیرخانه اداری و فنی متمرکز و هماهنگ شد و به تدریج رو به تکمیل و گسترش نهاد، به نحوی که طی سال های 1350 تا 1355 "امور هماهنگی و توسعه فعالیت های پژوهشی" به "امور پژوهشی" تغییر نام داد. در پی تصمیمات شورای عالی دانشگاه ها نسبت به اجرای ضوابط جدید پژوهشی، "امور پژوهشی" تجدید سازمان یافته و با عنوان "دبیرخانه شورای پژوهشی" زیر نظر دبیر شورای پژوهشی و یک معاون با همکاری کارشناسان پژوهشی و ایجاد واحد حساب داری، فعالیت و وظایف گسترده ای یافت. در سال های بعد با توجه به گستردگی وظایف و افزایش حجم فعالیت های پژوهشی در دانشگاه، امور پژوهشی در اداره کل امور پژوهشی با ساختار تشکیلاتی جدید متمرکز گردید.

در حال حاضر معاونت پژوهشی دانشگاه متشکل از 4 اداره کل، یک مرکز، یک موسسه و نیز کتابخانه مرکزی است که زیر نظر معاون پژوهشی دانشگاه اداره می شود.